O Núcleo Pedagógico (NUPE) é um órgão de estudos, pesquisas e assessoramento de cada campus, vinculado à Direção de Ensino, Pesquisa e Extensão (DEPE), de caráter reflexivo, propositivo e consultivo em políticas e ações didático-pedagógicas. O NUPE tem como objetivo geral desenvolver estudos, pesquisas, de forma coletiva e colaborativa entre seus integrantes, constituindo-se em espaço de assessoramento, reflexão, re/elaboração e proposição do fazer pedagógico.

O NUPE deve ser constituído por Pedagogos, Técnicos em Assuntos Educacionais e CGE, podendo também ter em sua composição ocupantes de outros cargos, funções e formações, servidores que manifestem interesse, mediante consonância da chefia imediata.

A Resolução nº 20, de 11 de maio de 2022,  dispõe sobre a Regulamentação dos Núcleos Pedagógicos do Instituto Federal Catarinense.